Trường có 11 phòng chức năng/đơn vị, 06 khoa, 01 bộ môn, 01 Viện Đào tạo, 06 trung tâm, 01 cơ sở thực hành với gần 200 cán bộ và giảng viên phần lớn được đào tạo ở nước ngoài.

Phòng chức năng/đơn vị

• Phòng Quản lý Đào tạo Đại học
• Phòng Quản lý Đào tạo Sau đại học
• Phòng Công tác sinh viên
• Phòng Quản lý Khoa học và Công nghệ
• Phòng Hành chính – Quản trị
• Phòng Tài chính – Kế toán
• Phòng Tổ chức – Cán bộ
• Phòng Hợp tác Quốc tế
• Phòng Khảo thí – Đảm bảo chất lượng
• Phòng Công nghệ thông tin
• Trạm Y tế

Khoa, Viện Đào tạo và bộ môn

• Khoa Y học cơ sở
• Khoa các Khoa học cơ bản
• Khoa Khoa học xã hội, Hành vi và Giáo dục sức khỏe
• Khoa Quản lý và Chính sách Y tế
• Khoa Sức khỏe môi trường và Nghề nghiệp
• Khoa Y học Lâm sàng
• Bộ môn Ngoại ngữ
• Viện Đào tạo bồi dưỡng cán bộ quản lý ngành y tế

Trung tâm và cơ sở thực hành

- Trung tâm Thông tin và Thư viện: Với hơn 19.000 tài liệu đa dạng, phong phú về loại hình, cập nhật và hoàn chỉnh về nội dung, bao quát đầy đủ các khía cạnh của Y tế công cộng, được quản lý chặt chẽ và khai thác hiệu quả thông qua hệ thống phần mềm chuyên ngành, Trung tâm Thông tin Thư viện là môi trường học tập thân thiện, không gian đọc lý tưởng, là giảng đường thứ hai hỗ trợ tích cực và hiệu quả cho bạn đọc cũng như cho các hoạt động giảng dạy, nghiên cứu khoa học và phát triển chung của nhà trường.

- Trung tâm Xét nghiệm: Trung tâm có chức năng thực hiện hoạt động đào tạo, đào tạo liên tục về lĩnh vực xét nghiệm y học + dự phòng; nghiên cứu khoa học và công nghệ. Với đội ngũ cán bộ có trình độ, năng lực, chuyên môn được đào tạo trong nước và quốc tế, hệ thống máy móc, thiết bị tiên tiến và chất lượng Trung tâm tập trung cung cấp các lĩnh vực y tế và dự phòng như xét nghiệm dinh dưỡng, an toàn vệ sinh thực phẩm, xét nghiệm môi trường, sức khỏe nghề nghiệp, xét nghiệm sinh y phục vụ công tác khám chữa bệnh,...

- Trung tâm Nghiên cứu chính sách và phòng chống chấn thương (CIPPR): Là đơn vị đi tiên phong trong việc tổ chức đào tạo và nghiên cứu trong lĩnh vực phòng chống chấn thương tại Việt Nam.

- Trung tâm Nghiên cứu Y tế công cộng và hệ sinh thái (CENPHER): nghiên cứu các chính sách.... hệ thống mạng lưới One-health (tại Việt Nam và trên thế giới)

- Trung tâm Đào tạo theo nhu cầu xã hội: Tổ chức các khóa học ngắn hạn theo nhu cầu của xã hội.

- Trung tâm Nghiên cứu khoa học sức khỏe: Nghiên cứu phòng chống  tác hại thuốc lá, bệnh không lây nhiễm và yếu tố nguy cơ, hệ thống y tế và kinh tế y tế...

- Cơ sở thực hành kỹ năng: Phòng khám đa khoa, bệnh viện trường, Trung tâm chăm sóc sức khỏe cộng đồng, Trung tâm phục hồi chức năng và hỗ trợ người khuyết tật.